به گزارش موسسه راهبردی دید‌ه‌بان، نیروهای نیجریه 22 آذر (13 دسامبر) به خانه شیخ زکزاکی حمله و او را دستگیر کردند؛ وی از آن زمان تاکنون در بازداشتگاه پلیس است.در جریان دستگیری شیخ زکزاکی چند نفری که سعی داشتند از او محافظت کنند از جمله یکی از رهبران جنبش اسلامی نیجریه و سخنگوی این جنبش شهید شدند. روز قبل از این اتفاق نیز، ارتش نیجریه به مراسم مذهبی شیعیان در شهر زاریه حمله کرد. ارتش ادعا می‌کند که این افراد مسیر کاروان فرمانده ارتش را بسته و قصد داشتند او را ترور کنند؛ ادعایی که از سوی مسلمانان این کشور رد شده است.
نهادهای مستقل علاقمند به حقوق انسان‌ها اعتراضات گسترده‌ای را نسبت به این اقدام خلاف بشری ترتیب دادند و در اثر این فشارها حدود یک‌ماه بعد، اولابیسی کولاوول، مسئول روابط عمومی پلیس نیجریه گفت: «این رهبر شیعه به دادگاه احضار و به توطئه جنایی و تحریک اغتشاشات عمومی متهم شد. وی سپس به بازداشتگاه بازگردانده شد و بررسی پرونده او به بعد موکول شده است.»
پس از آن نیز «هارون بناوی» عضو جنبش اسلامی نیجریه در گفتگو با خبرگزاری تسنیم تاکید کرد: شیخ زکزاکی همچنان در بازداشت حکومت نیجریه است که وی را در شهر ابوجا زندانی کرده است.وی افزود: اخباری که از زخمی شدن شیخ زکزاکی حکایت می‌کرد، صحت دارد، ایشان در جریان جنایت کشتار در شهر زاریا که صدها غیرنظامی کشته شدند، هدف اصابت چهار گلوله قرار گرفت و همسرش نیز به ضرب گلوله زخمی شده است.شیخ زکزاکی به میزان 90 درصد تقریباً بهبود یافته و همسرش هم به‌طور کامل بهبود یافت، چراکه حکومت نیجریه پس از افزایش فشارها برای حفظ سلامت این دو نفر، آنها را برای مداوا به خارج فرستاد.
اما همچنان روزها می گذرد و رهبر شیعیان نیجریه در بازداشت خودسرانه بسر می برد. شنیده ها حکایت از آن دارد که روز دوشنبه ۲۳ می ۲۰۱۶ «شیخ ابراهیم زاکزاکی» به دلیل حبس غیرقانونی طولانی مدت خود، شکایت‌نامه‌ای علیه ارتش و دولت فدرال نیجریه تنظیم کرد و خواستار رسیدگی فوری به دادخواست خود شد.وی در این شکایت‌نامه که تسلیم دادگاه عالی فدرال نیجریه کرد، خواستار اجرای حقوق قانونی خود شد و تاکید کرد که بازداشت طولانی مدت او بدون برگزاری محاکمه در دادگاه غیرقانونی است.
شکایت‌نامه مذکور بر اساس موارد زیر که در اصل قانون اساسی نیجریه به آنها تصریح شده است، ارائه شد:
براساس بند ۳۵ قانون اساسی نیجریه بازداشت و حبس مدعی علیه از ۱۴ دسامبر۲۰۱۵ تا کنون غیرقانونی بوده و نقض حقوق و آزادی‌های شخصی اش می‌باشد.براساس بند ۳۶ قانون اساسی نیجریه بازداشت و حبس مدعی علیه از تاریخ فوق تا کنون، بدون هیچ گونه قرار دادگاه کاملا غیرقانونی است.
گفتنی است، وی چندین بار به اتهام فتنه و اخلال در نظم عمومی زندانی شده. زکزاکی در همه حکومت‌های نیجریه از اوباسناجو و شاجاری و بوهاری گرفته تا بابانگیدا و آباچا او را حبس کرده‌اند. روی‌هم رفته ۹ سال در ۹ زندان کشور به سر برده – از جمله زندان انوگو (۱۹۸۱–۱۹۸۴)، زندان پورت هارکورت، و زندان کادونا. سپتامبر ۲۰۰۹، حکومت آباچا وی را زندانی و مرکز اسلامی و محل سکونتش را در زاریا خراب کرد.
